Su llegada generó una gran expectativa en Unión, como consecuencia que se trataba de un jugador que venía del exterior y que fue pedido por el entrenador Gustavo Munúa, relegando incluso a Juan Manuel García, quien había sido clave con sus goles en el final del 2021, hoy de gran presente en Newell`s.
Generó una gran ilusión en sus primeros partidos Jonatan Álvez, ya que en cada presentación de Unión plasmaba con rendimientos y goles el esfuerzo que se había hecho por su contratación. Incluso su contrato era tan importante que una parte la afrontaba Atlético Nacional de Colombia, mientras que el otro era pagado por Unión, en un esfuerzo económico muy importante que se hizo para tener al delantero que estaba llamado a darle un salto de calidad al equipo, que jugaría su tercera Copa Sudamericana.
Y verdaderamente, cada vez que estuvo bien desde lo físico Jonatan Álvez dejó en claro que era un delantero que rompía el molde, pero las constantes lesiones lo fueron marginando de la consideración de Gustavo Munúa, a tal punto que la última imagen que dejó en Unión fue una nueva lesión que sufrió en Avellaneda ante Racing.
En los últimos días de estadía en Santa Fe, trascendió que el uruguayo estaba dispuesto a resignar sus pretensiones económicas para quedarse en Unión y que incluso podía ganar por productividad (o sea que si se volvía a lesionar no cobraría). En tanto que también trascendió (ya que no habló con la prensa ni tampoco el club dio explicación alguna al respecto) que había decidido no jugar más en el club como consecuencia de una supuesta deuda. Algo que el entrenador Gustavo Munúa desmintió en una de las últimas conferencias de prensa
En Unión, entre los torneos de la Liga Profesional y la Copa Sudamericana (no jugó ninguno de los dos partidos de la Copa Argentina), Álvez jugó 24 partidos y anotó seis tantos (un gol cada cuatro partidos). Fueron 1594 minutos en cancha (un gol cada 165,66 minutos). En tanto que sufrió una lesión en el tobillo y en la planta del pie, dos desgarros y un esguince de rodilla, por lo cual se perdió más partidos de los que Unión lo pudo disfrutar en cancha.
